下水処理場は、供用開始後の維持管理を継続的に行うことによって処理水質を確保することが必要で、土壌浄化法による処理場も例外ではないが、二次公害がなく維持管理が容易で、維持管理費が安く、きれいな処理水を確保できる技術であることにより、土壌浄化法を採用した市町村では次のような流れで維持管理の運用を行っている場合が多い。